A partir de los años 40 del siglo pasado fue cuando empezó a conocérsele como “La locomotora humana” escribiendo sus páginas más triunfales en un deporte tan sacrificado y a veces desagradecido como es el atletismo. En 1944 consiguió su primera plusmarca mundial. Ya en los juegos olímpicos de Londres 1948, consiguió algo histórico para el deporte checoslovaco de la época, al vencer en los 10.000 metros y ocupar el segundo puesto en los 5.000. Algo que sería sintomático de lo que ocurriría 4 años después en la capital finlandesa, Helsinki.
En las olimpiadas de dicha ciudad fue donde Emil Zatopek se encumbró como mito del tartán. Se coronó en las pruebas de 5.000, 10.000 y la maratón. Su sistema de entrenamiento consistente en la consecución de series, por primera vez en la historia alguien se entrenaba de esta manera, le valió para ganarse el reconocimiento de todo el mundo. Instauró el sistema de series, vigente en la actualidad y considerado como elemental a la hora de progresar como atleta.